Sejarah Desa Pandanagung tidak terlepas dari sejarah Masyarakat (SUKU) Jawa  di Kabupaten Tuban. Desa ini sejak jaman dahulu bernama Desa Pagak dan Desa Denggung .

Pada Jaman penjajahan Belanda atau sebelum th 1897 ,sebutan Desa Pandanagung belum ada yang ada Desa Pagak dan Desa Denggung . sejak Th 1897 Desa pagak dan Desa Desa Denggung  di gabung menjadi Desa satu desa yaitu Desa Pandanagung  yang asal katanya Desa Pagak dan Desa Denggung. Adapun Desa Padanagung dibagi menjadi  3 Dusun, yaitu :